في عام 1952 ظهر المؤلف الأول بعنوان "قل هذه سبيلي" و توالت المنشورات و المقالات و المحاضرات و الندوات عن موضوع بعث الإسلام من جديد.

في عام 1955 صدر كتاب "أسس دستور السودان" وذلك قبيل استقلال السودان حيث نادى الأستاذ فيه بقيام جمهورية رئاسية ، فدرالية، ديمقراطية ، واشتراكية ..

تم تكوين لجنة لصياغة مسودة لدستور السودان بعيد الأستقلال فى يناير 1956 ، وقد اختير الأستاذ محمود فى اللجنة ممثلا للحزب الجمهورى الا أنه استقال بعد أشهر قليلة إثر تدخلات من السلطة التنفيذية للتأثير على عمل اللجنة والزج بمصالحها الضيقة فى الأمر .. وكان نتيجة عمل تلك اللجنة صياغة مسودة لدستور يعكس فهم الأحزاب الطائفية الضيق للاسلام وتشريعاته ولكن قبل أن يتم تبنيه بواسطة البرلمان تم انقلاب الفريق عبود فى نوفمبر 1958 و قد تم حل جميع الاحزاب السياسية .. كتب الاستاذ محمود خطابا لحكومة عبود أرفق معه كتاب أسس دستور السودان وطالب فيه بتطبيق مقترح الجمهوريين بإقامة حكومة ديمقراطية ، اشتراكية وفدرالية وقد تم تجاهل ذلك الطلب .. واصل الاستاذ نشر أفكاره فى المنتديات العامة مما أزعج قوى الهوس الدينى والدعاة السلفيين ففصلوا ثلاث من الطلاب الجمهوريين من معهد امدرمان العلمى فى عام 1960 لتبنيهم أفكار الاستاذ محمود .. وتم بعد ذلك منع عمل الاستاذ فى المنتديات العامة ودور العلم بواسطة السلطات كما منعت كتاباته من النشر فى الصحف العامة فاتجه الى الندوات الخاصة فيما ازداد نشاط الدعاة السلفيين فى تشويه أفكاره فأخرج كتاب "الأسلام" فى عام 1960 لتصحيح التشويه اللذى لحق بدعوته وتبيينها ، ويعتبر هذا الكتاب هو الكتاب الأم للدعوة الاسلامية الجديدة ..

وفى الفترة من 1966-1967 صدرت ثلاث من الكتب الاساسية وهى "طريق محمد" و "رسالة الصلاة" و "الرسالة الثانية من الاسلام" ..

ثم كان الاستاذ محمود أول من دعا العرب للدخول فى سلام مع اسرائيل ليوجدوا هدنة يبحثون في أثنائها أسباب مشكلتهم الحقيقية بدلا من الدخول فى عداوات لا طاقة لهم بها مع اسرائيل ومع الغرب مما يدفعهم فى احضان الشيوعية الدولية .. فصدر كتاب "مشكلة الشرق الأوسط" ليبحث فى جذور المشكلة ويستخرج الحلول الناجعة لها وكان أن سبقه كتيب "التحدى الذى يواجه العرب" ..

الدستور الإسلامي المزيف

فى هذه الأثناء كانت الطائفية وقوى الهوس الدينى تتآمر على الشعب وتسعى لتصفية مكتسباته .. فقد عدل الدستور مرتين للتمكين للحكم الطائفي في الاستمرار : مرة ليتمكن أزهري من أن يكون رئيسا دائما لمجلس السيادة ، في إطار الاتفاق بين الحزبين علي اقتسام السلطه .. و مرة أخري لحل الحزب الشيوعي ، و طرد نوابه من الجمعية التأسيسية .. فقد عدلت الجمعية التأسيسية المادة 5/2 من الدستور، و التي تعد بمثابة روح الدستور .. و هي المادة التي تنص علي الحقوق الأساسية ، كحق التعبير ، و حق التنظيم .. و لما حكمت المحكمة العليـا بعدم دستورية ذلك التعديــل أعلن رئيس الوزراء آنذاك ، السيد الصادق المهدي ((ان الحكومة غير ملزمـة بان تأخـذ بالحـكم القضائـي الـخاص بالقضيــة الدستوريــة)) .. ليتعرض القضاء السوداني بذلك لصـورة مـن التحقيـر لم يتعـرض لـها في تاريخه قط!! و لما رفعت الهيئة القضائية مذكرة إلى مجلس السيادة تطلب فيها تصحيح الوضع بما يعيد للهيئة مكانتها وصف مجلـس السيادة حكم المحكمة العليا بالخطأ القانوني فاستقال رئيس القضاء السيد بابكر عوض الله ، و قد جاء في الاستقالة:(( إنني لم أشهد في كل حياتي القضائية اتجاها نحو التحقير من شأن القضاء، و النيل من استقلاله كما أري اليوم .. إنني أعلم بكل أسف تلـك الاتجاهات الخطـيرة عنـد قــادة الحكم اليـوم، لا للحـد مـن سلطـات القضـاء في الدستـور فحسب ، بل لوضعـه تحت إشـراف الهيئة التنفيذية )) .. قابل الأستاذ محمود هذه الخروقات والتجاوزات بنقد قوي ولم يفوت أى فرصة لكشفها وتوعية الشعب بها.. 

مهزلة محكمة الردة

لذا لم يكن مستغربا أن دبرت قوي الهوس الديني والطائفية محاكمة لردة الأستاذ محمود فى نوفمبر من عام 1968 من خلال محكمة ((شرعية)) بالخرطوم فسفه الأستاذ تلك المحكمة ولم يكلف نفسه مشقة المثول أمامها فأصدرت حكمها المعد سلفا غيابيا فاستغل الأستاذ هذه المناسبة فصعد نشاطه و مواجهته للسلفيين وكشف زيفهم وجهلهم..فى هذا الجو المظلم والفوضى السياسية العارمة استولى تنظيم "الضباط الأحرار" مقاليد الحكم فى انقلاب عسكرى فى مايو 1969 وقد قام بحل جميع الأحزاب السياسية ومنع نشاطها .. بدأ نظام مايو بخطوات جادة لحل مشكلة الجنوب واقامة مشاريع التنمية مما أكسبه تأييد قطاعات واسعة من الشعب وقد أيده الجمهوريون برغم إيقافه لنشاطهم لهذه الأسباب ولأنهم أيضا رأوا فيه نظاما مرحليا يعد الأفضل بين بدائله المطروحة فى الساحة السياسية حينها و لإسهامه الواضح فى كسر شوكة الطائفية والهوس الدينى .. مرحلة نظام مايولم يدخل الجمهوريون فى أجهزة النظام المايوى واستمروا فى عملهم المتمثل فى توعية الشعب بالدعوة الإسلامية وكشف أدعياء الدين وذلك رغم العنت والصعوبات التى كانوا يواجهونها من أجهزة الدولة التنفيذية والأمنية ومن ورائها بعض قوى الهوس الدينى والتى أخذت تتغلل فى أجهزة النظام المايوى .. تكثف نشاط الجمهوريين فى الجامعات ووجدت دعوتهم تفهما كبيرا وقبولا فى أوساط الطلاب والمثقفين ..تركز عمل الأستاذ محمود فى هذه الفترة على تربية الاخوان والأخوات الجمهوريين والجمهوريات وترشيدهم وفق المنهاج النبوى ليكونوا نواة التغيير المرتقب .. وقد طبقوا هذا المنهاج فى مجتمعهم الجمهورى الصغير ما وسعتهم الحيلة فجاءت مناسباتهم من زيجات ومآتم وغيرها مصبوغة بهذه التربية والنهج الجديدين على المجتمع السودانى .. في ديسمبر 1976 تم اعتقال الأستاذ محمود وبعض قيادات الجمهوريين واودعوا سجن كوبر لمدة شهر بأمر من نميري و ذلك ارضاء للحكومة السعودية حيث واجههم الجمهوريون في كتاب ((اسمهم الوهابية و ليس اسمهم انصار السنة)) والذى صدر عنهم آنذاك ..

قوانين سبتمبر والهوس الديني

 اطلق سراح الأستاذ وجميع الجمهوريين والجمهوريات المعتقلين في 19 ديسمبر1984م بعد أن قضوا نحو 19 شهرا فى الحبس من غير محاكمة أو حتى تهمة واضحة وسرعان ما اتضح أن النية قد كانت مبيتة وراء هذا الإفراج المباغت والذى أدى إلى إعدام الأستاذ بعد أربعة أسابيع .. بالرغم من معرفة الأستاذ بالتآمر والنية المبيتة ضده ألا أنه رأى أن الواجب المباشر هو مقاومة قوانين سبتمبر ولذا أصدر الجمهوريون منشورهم الشهير (( هذا او الطوفان)) بعد خروجهم من المعتقل بأسبوع فى مقاومة قوانين سبتمبر و دفاعا عن الاسلام و الشعب السوداني ..

المواجهة والإعدام

فاعتقل إثر ذلك الأستاذ محمود للمرة الثانية ومعه أربعة من تلاميذه وقدموا للمحاكمة يوم 7 يناير 1985 م وكان الأستاذ قد أعلن عدم تعاونه مع تلك المحكمة الصورية فى الكلمة المشهودة فصدر الحكم بالاعدام ضده وضد الجمهوريين الأربعة بتهمة إثارة الكراهية ضد الدولة من محكمة ((المهلاوي)) .. حولت محكمة المكاشفي التهمة الي تهمة ردة!!! و ايد نميري الحكم و نفذ في صباح الجمعة 18 يناير1985 م وسط حشد كبير فى ميدان سجن كوبر.. تحرك الأستاذ نحو حبل المشنقة بثبات مهيب وكشف وجهه عن ابتسامة لم ير مثلها ثم تم التنفيذ وحمل الجسد الطاهر بطائرة عمودية الى مكان مجهول ..